En Amazonie, trois angles morts de la surveillance du vivant

En 2023, le Brésil a enregistré plus de 163 000 cas de paludisme. 99 % avaient été acquis en Amazonie brésilienne et plus de 80 % étaient dus à Plasmodium vivax. Pourtant, compter les diagnostics au lieu de résidence ne suffit pas à reconstituer les déplacements du parasite.

Dans la région de Loreto, au Pérou, une étude publiée en 2026 a recherché des poissons à partir de traces d’ADN présentes dans l’eau. Plus à l’ouest, dans la région de la rivière Juruá, une autre équipe a séquencé l’ARN de moustiques et identifié une diversité virale encore peu décrite.

Le lieu de résidence n’indique pas où le parasite a circulé. Une séquence présente dans l’eau ne donne pas le nombre exact de poissons. Un virus détecté chez un moustique ne mesure pas un danger pour l’humain.

Les chiffres changent de terrain.

Le paludisme ne suit pas les frontières administratives

Une étude publiée en 2026 dans The Journal of Infectious Diseases (DOI 10.1093/infdis/jiaf457) a analysé 5 499 359 notifications de paludisme à Plasmodium vivax enregistrées entre 2003 et 2023. Les données couvrent 808 municipalités des neuf États de l’Amazonie brésilienne.

Sur cette période, 32,1 % des infections diagnostiquées chez des résidents de la région relevaient d’une mobilité de courte ou de longue distance. Près d’une infection sur trois avait donc probablement été acquise ailleurs que dans la localité ou la municipalité de résidence. La part de ces infections acquises hors du lieu de résidence allait de 26,9 % en 2018 à 40,7 % en 2022.

L’étude distingue des zones sources et des zones puits. Une zone source enregistre davantage de cas acquis localement chez des personnes venues d’ailleurs qu’elle ne reçoit de cas chez ses propres résidents. Une zone puits reçoit davantage de cas acquis ailleurs par ses résidents qu’elle n’enregistre de cas locaux chez des personnes venues d’autres territoires. Ces catégories restent relatives, car les déplacements circulent dans les deux sens.

Les passages internationaux représentent une faible part du total : 94 164 infections, soit 1,7 % des notifications étudiées, provenaient d’un autre pays d’Amérique du Sud. La Guyane française, le Venezuela et le Guyana représentaient ensemble 85,2 % de ces importations. Les flux ont aussi changé avec le temps : la Guyane française dominait entre 2003 et 2012, tandis que le Venezuela pesait davantage entre 2013 et 2023.

Deux municipalités proches de frontières concentrent une grande partie de ces cas. Boa Vista, capitale du Roraima proche du Venezuela et du Guyana, a enregistré 26 299 importations transfrontalières. Oiapoque, à la frontière de la Guyane française, en a enregistré 17 406. Ensemble, ces deux municipalités représentent 46,3 % des importations internationales enregistrées sur les 21 années.

Le phénomène ne s’arrête pas aux frontières. Des profils parasitaires associés à la Guyane française, au Venezuela et au Guyana apparaissaient aussi dans des zones puits éloignées du Pará et du Maranhão, où le nombre de cas acquis localement avait diminué. Les données génomiques vont dans le même sens : sur 408 isolats étudiés, la proximité génétique tendait à diminuer avec la distance, mais des parasites séparés par plus de 1 000 kilomètres restaient parfois connectés.

Les auteurs classent notamment Manaus et Porto Velho parmi les zones urbaines réceptives, entourées de localités rurales à risque. Une ville peut donc recevoir des infections venues d’une zone où la transmission reste intense, même si son propre niveau de transmission est plus faible.

Dans l’eau, l’ADN complète le filet

Le bassin amazonien compte plus de 3 500 espèces de poissons signalées. L’Amazonie péruvienne abrite près de 1 000 espèces de poissons d’eau douce, mais leur répartition et leur statut restent mal documentés. Dans la région de Loreto, autour de Jenaro Herrera et de Nauta, une étude publiée en 2026 dans ZooKeys (DOI 10.3897/zookeys.1270.170412) a testé l’ADN environnemental comme outil d’inventaire.

Les chercheurs ont prélevé de l’eau dans 12 sites : dix autour de Jenaro Herrera et deux près de Nauta. Les lieux comprenaient de petits cours d’eau forestiers de 0,5 à 6 mètres de largeur et des mares de 20 à 3 000 mètres carrés. Le volume filtré atteignait 22,5 litres en moyenne, avec de fortes variations lorsque les filtres se bouchaient.

Le protocole ciblait un fragment du gène 12S, utilisé pour repérer les poissons à partir de fragments d’ADN laissés dans l’eau. Le séquençage a produit 226 variants de séquence d’amplicon (ASV). Parmi eux, 95 ont pu être attribués à des taxons de poissons et regroupés en 44 unités opérationnelles moléculaires (MOTU), réparties entre les Characiformes, les Gymnotiformes, les Siluriformes et les Cichliformes.

Ces 44 MOTU ne correspondent pas automatiquement à 44 espèces comptées. Une MOTU regroupe des séquences selon leur proximité génétique, tandis que l’attribution dépend de la qualité des bases de référence. L’ADN environnemental peut repérer des poissons communs et des espèces difficiles à observer dans des eaux turbides, profondes ou encombrées de végétation. Il ne fournit pas, à lui seul, un nombre d’individus ou une estimation de biomasse.

Une trace n’est pas un comptage

Les bibliothèques de codes-barres génétiques restent incomplètes. Lorsqu’une espèce amazonienne n’y figure pas, une séquence peut rester non attribuée ou ne recevoir qu’un classement taxonomique large. Les résultats portent donc sur ces 12 sites, pas sur l’ensemble de l’Amazonie péruvienne. L’outil accélère l’inventaire, mais sa précision dépend aussi du travail d’identification réalisé sur les poissons eux-mêmes.

Les moustiques élargissent le catalogue viral

Dans la région de la rivière Juruá, en Amazonie occidentale brésilienne, une étude publiée en 2026 dans PeerJ (DOI 10.7717/peerj.20880) s’est intéressée aux virus associés aux moustiques. Les captures ont couvert 13 localités et 37 sites, sur un transect d’environ 150 kilomètres. Elles ont eu lieu de la mi-septembre à la mi-octobre 2021, puis pendant la même période en 2022.

Au total, 10 550 moustiques femelles adultes ont été regroupés en 211 lots de 50. Les chercheurs ont extrait leur ARN, préparé des bibliothèques de séquençage et utilisé un assemblage métagénomique sans supposer à l’avance quels virus devaient être présents.

Cette analyse a livré plus de 500 séquences virales issues de 18 familles. Elle a permis d’identifier 21 génomes complets ou presque complets et 51 génomes viraux assemblés à partir des données métagénomiques, classés comme 18 espèces potentiellement nouvelles. Trente-trois autres séquences correspondaient à des souches de neuf virus déjà décrits.

Le terme « potentiellement nouvelles » compte ici. Pour plusieurs familles, un écart de 5 % ou davantage dans la séquence protéique étudiée a servi d’indicateur de nouveauté. Pour d’autres familles, le Comité international de taxonomie des virus ne fixe pas de seuil unique, ce qui impose de considérer ces classifications avec prudence.

La surveillance gagne quand elle suit le mouvement

Ces trois travaux ne répondent pas à la même question. L’étude sur le paludisme reconstitue les déplacements des personnes et la circulation génétique du parasite. L’étude péruvienne cherche une signature biologique dans l’eau. L’étude sur les moustiques élargit la liste des virus détectables sans partir d’un catalogue fermé.

Pour l’élimination du paludisme, cette différence déplace les cibles d’intervention. Les données invitent à surveiller les populations mobiles, les localités rurales qui exportent des cas et les villes qui les reçoivent. Une stratégie limitée au lieu du diagnostic peut manquer le point où la transmission se maintient.

Pour les poissons, l’ADN environnemental permet de travailler dans des milieux où la capture et l’identification visuelle prennent du temps. Mais l’extension des bases de référence reste nécessaire pour transformer davantage de séquences en identifications utilisables.

Pour les virus de moustiques, la métagénomique fournit une première cartographie de la diversité et des liens évolutifs. Elle ne remplace ni la surveillance répétée, ni l’étude des hôtes, ni les analyses de transmission. La découverte commence par une séquence, pas par une alerte sanitaire.

Une carte administrative, un prélèvement ponctuel ou une liste de virus connus ne suffit donc pas à décrire toute la circulation biologique du bassin. Les données de déplacement, les prélèvements d’eau et les séquences génomiques ajoutent chacun une information distincte à la surveillance.

En Amazonie, surveiller, c’est suivre les traces.